清港鎮(zhèn)地海港舊稱“右港”，元代改稱清港，有清港渡，明洪武十四年（1381）設清港里。

清光緒年間（1875-1908）設清港村，1934年改為清港鄉(xiāng)。

1936年改為清港鎮(zhèn)。

建國后沿用清港鎮(zhèn)名稱。

1958年，屬楚門人民公社（大公社）下轄的一個管理區(qū)，1961年建立清港人民公社；1984年政社分設時，復置清港鎮(zhèn)；1991年3月，建立清港區(qū)；1992年5月“撤、擴、并”時，原芳杜鄉(xiāng)、凡塘鄉(xiāng)和外塘鄉(xiāng)的上湫、下湫、袁家、后排4個行政村并入清港鎮(zhèn)。