明洪武十四年（1381）為建德鄉(xiāng)十三、十五都。

清乾隆年間（1736～1795）為西北鄉(xiāng)十三、十五都；宣統(tǒng)三年（1911）屬保仁區(qū)。

民國時期先后為大柘區(qū)益三鄉(xiāng)、一五鄉(xiāng)、城區(qū)保仁鄉(xiāng)、大柘區(qū)保仁鄉(xiāng)。

1949年解放初沿用保仁鄉(xiāng)名，屬大柘區(qū)。

1950年10月分置益三鄉(xiāng)。

1956年3月，益三鄉(xiāng)魁川村劃入成屏鄉(xiāng)后與保仁鄉(xiāng)合并改稱三仁鄉(xiāng)，歸縣直屬。

1958年李家山等6個自然村劃入城關鎮(zhèn)，改稱曙光公社三仁管理區(qū)。

1959年2月改稱益三管理區(qū)和沙口管理區(qū)。

1960年2月益三、沙口大隊合并改稱三仁管理區(qū)，屬城關區(qū)。

1961年7月為三仁人民公社。

1983年10月復置三仁鄉(xiāng)，轄14個村。

1985年2月建為三仁畬族鄉(xiāng)，屬城關區(qū)。

1992年5月歸縣直屬。

2010年12月轄8個村。