清屬寧海縣寧和鄉(xiāng)，后改屬南鄉(xiāng)邵家莊。

民國十七年（1928）屬邵家鄉(xiāng)。

民國二十九年（1940）三門建縣前后屬任邵鄉(xiāng)。

1949年解放初沿用舊制。

1950年5月屬邵家鄉(xiāng)。

1954年成立馬村、百畝頭初級(jí)社，1956年加入邵家高級(jí)社。

1958年屬邵家管理區(qū)邵家生產(chǎn)隊(duì)。

1961年從邵家生產(chǎn)隊(duì)析出，成立馬村、百畝頭大隊(duì)，屬邵家人民公社。

1983年政社分設(shè)，設(shè)馬村、百畝頭村民委員會(huì)，屬邵家鄉(xiāng)。

1992年5月撤區(qū)擴(kuò)鎮(zhèn)并鄉(xiāng)時(shí)，邵家鄉(xiāng)撤銷，改屬亭旁鎮(zhèn)。

2018年8月20日行政村規(guī)模調(diào)，原馬村、百畝頭村調(diào)整為新的馬村村村民委員會(huì)。