北麂歷史悠久，自古以來(lái)為海防重地，有北麂島軍事設(shè)施遺址等歷史遺存。
原名東洛山，一名北岐山，地勢(shì)險(xiǎn)要，小島回環(huán)，明初已有大陸居民到此定居，以捕魚(yú)為業(yè)，漸成聚落。
明永樂(lè)三年（1405年）至宣德八年（1433），鄭和率舟師七次下“西洋”，多次經(jīng)停東洛山。
《鄭和航海圖地名索引》載：“東洛山，據(jù)圖，東洛山在溫州港外，南己（麂）之北�！薄蹲x史方輿紀(jì)要》卷九十四載：“東洛山，在縣東南海中。
倭寇南北往來(lái)，往往泊舟取水于此，隆慶初設(shè)舟師戍守�！鼻迩『笃谥良螒c年間，因朝廷強(qiáng)推禁海政策，蔡牽夫婦率所部曾踞此島周?chē)Ｑ笈c清軍水師李長(zhǎng)庚、許松年等部周旋達(dá)20多年之久。
今島除，大陸村民受生活所迫者，紛紛來(lái)此海島以捕魚(yú)為業(yè)，重新建立村落，北麂遂成近海漁場(chǎng)；民國(guó)時(shí)，為逃避抓壯丁，有許多近海居民遷移定居于此。
上之大小較場(chǎng)、東西水門(mén)等名稱(chēng)，皆蔡牽所署。
蔡牽失敗后，島民被逐回大陸，復(fù)成無(wú)人島。
鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)后海禁解。