九堡在1932年屬杭州市第十一區(qū)第三坊，1949年，塘內(nèi)為筧橋區(qū)第七坊，轄于家橋鄉(xiāng)、宣家埠鄉(xiāng)。

塘外是艮山區(qū)第六坊(鄉(xiāng))，轄艮山區(qū)禾豐鄉(xiāng)。

自1956年4月正式成立九堡鄉(xiāng)以來，曾先后隸屬于杭州市半山聯(lián)社、錢塘聯(lián)社、余杭縣臨平區(qū)。

1956年4月于家橋鄉(xiāng)、禾豐鄉(xiāng)及宣家埠鄉(xiāng)的會計、俞家、井家、格畈等村和杭縣喬司區(qū)的大三鄉(xiāng)合并建立九堡鄉(xiāng)，隸屬于杭州市人委郊區(qū)辦事處。

1958年3月，隸屬于筧橋區(qū)。

1958年10月建九堡人民公社，下設禾豐、于家橋、大三、大井等管理片。

1959年春，將禾豐片、于家橋片合并為九堡管理區(qū)；將大三、大井片并入大井管理區(qū)。

同年5月至1960年1月，先后隸屬于半山聯(lián)社和錢塘聯(lián)社。

1961年5月，九堡、大井2個管理區(qū)合并，隸屬于杭縣，稱九堡人民公社。

同年9月，從九堡人民公社抽出東良、建聯(lián)、紅星、馮落葉、新三勝等大隊，另建大井人民公社。

1965年，將大井人民公社(其中和睦大隊劃歸喬司人民公社)并入九堡人民公社。

1982年12月，將九堡人民公社管轄的馮落葉、新三勝、棟梁、建聯(lián)、水西、南蔣、泥橋大隊以及喬司人民公社管轄的和睦大隊分出，復建大井人民公社。

1983年12月，分別建立九堡鄉(xiāng)、大井鄉(xiāng)。

1985年12月，經(jīng)杭州市民政局批準、余杭縣同意，九堡鄉(xiāng)改九堡鎮(zhèn)建制。

1996年5月8日，根據(jù)杭州市城市規(guī)劃的總體部署，九堡鎮(zhèn)劃歸杭州市江干區(qū)管轄。

2014年12月25日撤鎮(zhèn)建街。

下轄楊公、蠶桑、牛田、格畈、八堡、九堡等21個社區(qū)及宣家埠、三村2個行政村。

2021年3月，因杭州市部分行政區(qū)劃調(diào)整，劃入上城區(qū)。