秦漢時為三十六國之一，焉耆國地。

漢神爵三年（前59）隸西域都護府。

北魏置焉耆鎮(zhèn)。

唐貞觀二十二年（648）設焉耆都督府。

清乾隆二十四年（1759）設喀喇沙爾辦事大臣。

光緒八年（1882）置喀喇沙爾直隸廳。

二十四年（1898）改設焉耆府，隸屬阿克蘇道。

1913年，焉耆本府改設焉耆縣，屬阿克蘇道管轄。

1920年設焉耆道，焉耆縣屬焉耆道管轄。

1930年改焉耆道為焉耆行政長公署，焉耆縣屬焉耆行政區(qū)。

1950年屬焉耆專區(qū)。

1954年3月，成立焉耆回族自治縣，隸屬巴音郭楞蒙古自治州。