民國時屬回龍鄉(xiāng)第十四保，1951年建政為新農鄉(xiāng)第三村，1955年建社為萬壽鄉(xiāng)六村十七社，1958年為萬壽公社四管理區(qū)，1962年為萬壽公社六大隊，1967年改為增產公社六大隊，1972年仍為增產公社六大隊，1981年地名普查命名為增產公社三清大隊，1984年社改鄉(xiāng)時為增產鄉(xiāng)三清村，1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)后為回龍鎮(zhèn)，三清村，1994年從回龍鎮(zhèn)劃出恢復建制，名為增產鄉(xiāng)三清村。

2019年，根據(jù)川府民政[2019]9號文件批準，劃歸回龍鎮(zhèn)管轄。

2020年，村級建制調整，撤銷碗水村和三清村，合并設立三清村（營府函〔2020〕72號）。