明正德十年（1515年）析東鄉(xiāng)縣（今宣漢）東北境太平里置太平縣（縣府在今太平鎮(zhèn)）。

嘉慶七年（1802年）升縣為直隸廳，直屬四川省承宣布政使司川東道保寧府。

道光二年（1822年）降為太平縣。

民國三年（1914年）改太平縣為萬源縣。

1933-1935年，紅四方面軍建立川陜革命根據(jù)地，先后在境內(nèi)建有萬源、紅勝、城口3個縣蘇維埃政府和1個竹峪特別行政區(qū)。

1935年2月，紅軍離縣境北上抗日，國民政府恢復(fù)原縣建置。

解放后1952年設(shè)縣，屬達(dá)縣地區(qū)專員公署管轄，1993年11月撤銷萬源縣、白沙工農(nóng)區(qū)，合并成立萬源市（縣級），屬四川省人民政府直轄。

1996年6月，由達(dá)州市代管。