巴州建縣已有1900多年歷史。

民國元年，巴州屬四川軍政府保寧府。

民國2年，改巴州為巴中縣，并設江口分縣署，屬川北道（治今閬中）。

民國3年，改屬嘉陵道（治今南充）。

從民國6年起，巴中為四川軍閥鄭啟和、潘文華、劉存厚、田頌堯等相互爭奪，制無常規(guī)。

至民國10年，為田頌堯所獨據(jù)，縣屬國民革命軍第二十九軍駐區(qū)事務署（駐今三臺縣）。

1933年，紅軍在通江、南江、巴中建立川陜革命根據(jù)地。

7月上旬，巴中縣城成為川陜革命根據(jù)地的首府。

1934年，川陜省委、省蘇遷駐通江和旺蒼壩（今旺蒼縣城），9月11日又遷回巴中城，直至1935年3月撤離北上。

川陜省蘇區(qū)按省、道、縣（市）的行政建制，轄2道、1市、23縣。

今縣境內(nèi)，置1市（巴中特別市）、3縣（巴中、恩陽、長勝）。

巴州鎮(zhèn)為省、道、市蘇維埃的駐地。

民國24年（1935年）春，紅軍撤離。

巴中隸屬第十五行政督察區(qū)（駐今達縣市）。

民國33年11月11日，政務院準予轄區(qū)分設平昌設治局。

民國34年，以第三區(qū)治江口鎮(zhèn)為局址正式設立。

1950年元月19日，巴中縣屬西南區(qū)川北行政區(qū)達縣專區(qū)。

1952年9月，縣屬四川省達縣專區(qū)（地區(qū)），至1985年無變動。

1993年7月27日，撤銷巴中縣，設立巴中市（縣級），以縣行政區(qū)域為市行政區(qū)域，隸屬巴中地區(qū)行政公署。

2000年，撤地建市、撤市建區(qū)，巴州區(qū)隸屬巴中市至今。