1971年婁煩建縣時(shí)稱孔河溝大隊(duì)，歸天池店公社管轄，下轄孔河溝、石窯灣、杏樹坡三個(gè)自然村。

1981年3月杏樹坡單獨(dú)設(shè)立大隊(duì)，孔河溝大隊(duì)下轄孔河溝、石窯灣兩個(gè)自然村。

1984年天池店公社改稱為天池店鄉(xiāng)，同時(shí)孔河溝大隊(duì)更名為孔河溝村民委員會(huì)。

2001年撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)后仍為孔河溝村民委員會(huì)，同時(shí)撤銷杏樹坡村民委員會(huì)，杏樹坡變更為自然村。

孔河溝村民委員會(huì)下轄孔河溝、杏樹坡2個(gè)自然村。

2020年合并行政村后仍為孔河溝村民委員會(huì)。