明代建鎮(zhèn)，是旬邑縣五大古鎮(zhèn)之一。

1950年，境內(nèi)設立底廟、劉家店、產(chǎn)場、東牛家坡等四鄉(xiāng)。

1956年3月，合并為底廟鄉(xiāng)。

1958年9月，底廟鄉(xiāng)和甘家店鄉(xiāng)部分村合并成立幸福人民公社。

12月，旬邑縣并入邠縣后設立底廟管理區(qū)，隸屬彬縣北極人民公社。

1961年8月，旬邑縣制恢復后設立底廟人民公社。

1967年，更名為東方紅人民公社。

1979年，恢復底廟人民公社稱謂。

1984年6月，政社分設時設立底廟鄉(xiāng).1998年2月，改為底廟鎮(zhèn)。