明朝萬歷十一年（1583年）復置長武縣時，馬屋村歸屬亭口里管轄，沿襲至民國初年，隨歷史演變，曾劃歸進賢里管轄，民國末年又歸屬亭口鄉(xiāng)公所管轄。

解放后，長武縣改設五區(qū)，馬屋仍復歸東區(qū)亭口管轄。

1956年，原屬該村的“馬屋寶蓋”劃歸二廠管轄，該村的山頂、園子溝、朱家?guī)X劃歸下孟管轄，并成立了“三豐”農(nóng)業(yè)合作社，馬屋村所含現(xiàn)有的三個村民小組則稱為“禾豐”農(nóng)業(yè)合作社，歸屬冉店鄉(xiāng)管轄。

1958年人民公社化時，馬屋村改為生產(chǎn)大隊，編為第三、四生產(chǎn)隊，擴編了上孟溝口為第一生產(chǎn)隊，下孟村溝口為第二生產(chǎn)隊，歸冉店生產(chǎn)管理區(qū)所管轄。

1959年歸長武人民公社管轄，1961年歸冉店人民公社管轄，1981年，在原來第三生產(chǎn)隊的基礎上將第三生產(chǎn)組及第二生產(chǎn)組一部分編為第五生產(chǎn)隊，歸屬未變。

1984年，馬屋大隊第一、二生產(chǎn)隊分別單列成立了上河村、下河村，第三、四、五生產(chǎn)隊合編成立了馬屋村村民委員會，歸冉店鄉(xiāng)人民政府管轄。

2011年，撤鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，歸亭口鎮(zhèn)人民政府管轄。

2015年下河村合并至馬屋村。

2017年，下孟村合并至馬屋村，歸亭口鎮(zhèn)人民政府管轄至今。