同仁歷史悠久，秦漢時期為羌族部落居牧地，魏時歸蜀漢，西晉時為吐谷渾轄地，東晉時隸屬于前秦河湟郡。

唐天寶十二年(753年)，屬澆家河郡轄地，保安鐵城山置振武軍、曲庫乎置曜武軍。

明洪武四年(1371年)立保安堡。

清稱乾隆時隸屬于新置的循化廳。

民國18年(1929年)，設(shè)同仁縣（藏語稱同仁地區(qū)為“熱貢”，意為極樂的金色谷地)，轄今同仁、澤庫二縣之地。

中華人民共和國成立后建制：1949年9月22日，同仁縣人民政府成立。

1951年12月析出同仁縣第五、第六、第七3個區(qū)置澤庫縣，同仁縣重新調(diào)整行政區(qū)域，建立新的第五、第六2個區(qū)。

1958年9月，根據(jù)中國共產(chǎn)黨中央《關(guān)于在農(nóng)村建立人民公社的決定》，同仁縣將全縣19個鄉(xiāng)、1個區(qū)撤并建成11個“政社合一”的人民公社。

1984年9月，根據(jù)中央《關(guān)于實行政社分開建立鄉(xiāng)人民政府的通知》，同仁縣將13個人民公社、1個鎮(zhèn)改建為13個鄉(xiāng)、1個鎮(zhèn)。

至2018年底，全縣共轄3個鎮(zhèn)9個鄉(xiāng)，分別是隆務(wù)鎮(zhèn)、保安鎮(zhèn)、多哇鎮(zhèn)、年都乎鄉(xiāng)、曲庫乎鄉(xiāng)、瓜什則鄉(xiāng)、加吾鄉(xiāng)、雙朋西鄉(xiāng)、蘭采鄉(xiāng)、扎毛鄉(xiāng)、黃乃亥鄉(xiāng)、牙浪鄉(xiāng)。

轄行政村72個、社區(qū)居委會10個、農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社362個。

2020年7月1日因縣撤縣設(shè)市更名為同仁市，全市共轄3個鎮(zhèn)8個鄉(xiāng)，分別是隆務(wù)鎮(zhèn)、保安鎮(zhèn)、多哇鎮(zhèn)、年都乎鄉(xiāng)、曲庫乎鄉(xiāng)、瓜什則鄉(xiāng)、加吾鄉(xiāng)、雙朋西鄉(xiāng)、蘭采鄉(xiāng)、扎毛鄉(xiāng)、黃乃亥鄉(xiāng)。

轄行政村72個、社區(qū)居委會8個。