秦漢以前，高廟屬“羌戎地”。

漢武帝元鼎六年（前111年），漢軍進據湟水流域，高廟歸入漢朝版圖。

西漢太初年間（前104年—101年），高廟始建村寨。

北宋哲宗元符年間（1098—1100年），高廟建通湟寨。

明代時期，高廟漢族從南京和內地先后因平戎西征或因商賈遷來高廟定居，繁衍生息。

清雍正三年（1725年），改右千戶所為碾伯縣，高廟屬碾伯縣管轄。

民國十九年（1930年），高廟設鎮(zhèn)。

民國三十八年（1949年）9月5日，樂都縣解放，設高廟鎮(zhèn)，廢除保甲制，設立村民委員會。

1958年，高廟鎮(zhèn)為金剛公社。

1984年，復名高廟鎮(zhèn)。