慶云寺按中軸線對稱布局，自下而上依次為：第一層韋陀殿，內設知客堂、云房，南有客堂、鼓樓；北有齋堂、鐘樓；第二層大雄寶殿，內設東土祖師殿、伽藍殿，三殿合而為一；第三層中正堂；第四層毗盧殿，南有藏經樓、七佛樓，北有睡佛樓、佛母樓；第五層塔殿，即原建之蓮花庵。寺宇建成后，棲壑大師見周圍霧靄裊裊，加之山頂有湖，“天將雨，湖先出云”，遂將蓮花庵易名為慶云寺。