明嘉靖十六年（1537），三邊總制尚書(shū)劉天和棄內(nèi)邊不守，沿紅柳溝至鳴沙另筑長(zhǎng)城(實(shí)為塹墻)一百零八里五分，同時(shí)在今紅寺堡鎮(zhèn)團(tuán)結(jié)村筑新紅寺堡。

嘉靖四十年（1561）毀于地震，但紅寺堡地名留存至當(dāng)代。

1999年1月，中共紅寺堡開(kāi)發(fā)區(qū)工委正式掛牌成立。

2002年10月，紅寺堡開(kāi)發(fā)區(qū)劃歸吳忠市。

2005年，將原來(lái)的94個(gè)行政村合并為42個(gè)。

2009年9月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)立紅寺堡區(qū)，以吳忠市紅寺堡鎮(zhèn)、太陽(yáng)山鎮(zhèn)、大河鄉(xiāng)、南川鄉(xiāng)的行政區(qū)域?yàn)榧t寺堡區(qū)的行政區(qū)域，區(qū)人民政府駐紅寺堡鎮(zhèn)，屬吳忠市。