據《清實錄寧夏資料輯錄》記載：雍正七年潤七月癸未（公元1729年9月3日），辦理陜西寧夏河渠工兵部侍郎通智疏報：“寧夏等屬修浚之大渠并六羊改渠，一切工程告竣……請定兩渠佳名”。

得旨：大渠著名“惠農渠”。

1941年，寧夏省劃平羅縣的王泉溝、高莊、惠北、靈沙等地及其以北地區(qū)置縣，因位于惠農渠梢段而取名“惠農縣”。

1960年3月，撤縣設置為石嘴山市。

1976年成立石嘴山市轄郊區(qū)。

1987年國務院批準將原石嘴山市郊區(qū)恢復為惠農縣，惠農地名遂沿用至今。

惠農區(qū)是2003年12月31日，經國務院批準（國函[2003]139號）撤銷石嘴山市惠農縣和石嘴山區(qū)設立惠農區(qū)。

2004年1月30日，自治區(qū)人民政府下發(fā)（寧政發(fā)[2004]7號）《關于撤銷石嘴山市石嘴山區(qū)和惠農縣設立石嘴山市惠農區(qū)的通知》文件，撤銷石嘴山市石嘴山區(qū)和惠農縣，設立石嘴山市惠農區(qū)。