紅旗滿族鎮(zhèn)原屬蓋州市。

偽滿洲國時期，鎮(zhèn)內(nèi)各村分屬廂黃旗和紅旗堡2村。

民國三十四年（1945年）冬，蓋平縣解放，劃歸蘆屯區(qū)。

民國三十五年（1946年），國民黨進駐，恢復日偽區(qū)劃。

民國三十六年（1947年），紅旗鎮(zhèn)重新劃歸蘆屯區(qū)。

1958年6月，成立正藍旗鄉(xiāng)，下設(shè)6村，后改紅旗公社。

1968年5月，成立革命委員會。

1983年9月，撤公社建紅旗鄉(xiāng)。

1984年6月，成立紅旗滿族鄉(xiāng)。

1995年12月10日，紅旗滿族鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。