清代設縣后為農治社，光緒三十三年（1907）改為泰區(qū)，宣統(tǒng)二年（1910）改為巴吉壘自治鎮(zhèn)，1926年改為九區(qū)并設巴吉壘鎮(zhèn)，淪陷時期為巴吉壘村，1949年為巴吉壘區(qū)，1958年建人民公社，1983年改為鎮(zhèn)。

巴吉壘鎮(zhèn)所在地位于縣城西31公里，農安至伏龍泉油渣公路經此。轄太平山、雙榆樹、莫波、太和、東鐵、李家園子、南洼子、上河灣、元寶溝、四合、石頭崗子、麻花店、西鐵13個村。

鎮(zhèn)境地處波羅泡子南沿，水利資源豐富，有葦塘、上河灣2處小型水庫，3個較大天然泡塘。波羅泡子盛產鯽魚，鰲花、鳊花等較佳魚種也有少量出產，鯽魚味美有名。波羅泡子水產所設在該鄉(xiāng)。全鄉(xiāng)有6處較大草原，面積 4.7萬畝。年產牧草居全縣首位，是養(yǎng)鵝、養(yǎng)羊較多的鎮(zhèn)。礦產有矽砂。1985年吉林省文物考古研究所在元寶溝發(fā)掘1處新石器時期遺址。.