扶余歷史悠久，先秦時(shí)期，這里是古濊貊人世代繁衍生息之地。
西漢初期，濊貊建立了中國(guó)東北地區(qū)第一個(gè)地方民族政權(quán)——夫余國(guó)（今扶余地方為其屬地）。
勿吉滅夫余后，為勿吉伯咄部居地。
渤海時(shí)屬夫余府，遼屬寧江州，金時(shí)分屬上京路隆州府利涉縣和會(huì)寧府會(huì)寧縣。
元朝屬遼陽行中書省開元路，明朝曾在此地設(shè)置撒叉河衛(wèi)，明朝后期，科爾沁蒙古人占據(jù)這里。
后金立國(guó)后，在此立官軍隊(duì)站，稱伯都訥站。
清康熙三十一年（1692年），設(shè)副都統(tǒng)衙門，移吉林副都統(tǒng)于此，稱伯都訥副都統(tǒng)，駐伯都訥舊城（伯都訥兵站址）。
次年建伯都訥新城（今松原市寧江區(qū)江北市區(qū)中心地帶），徙副都統(tǒng)衙門于此。
雍正四年十二月（1727年1月），添置長(zhǎng)寧縣，理民務(wù)，隸奉天府尹，副都統(tǒng)衙門專理旗務(wù)。
嘉慶十五年（1810年）置伯都訥廳，轄區(qū)為今寧江區(qū)（江北部分）、扶余市、榆樹市。
光緒三十二年（1906年）撤伯都訥廳，更名為新城府，隸西北路道，與榆樹分治，轄區(qū)為今松原市寧江區(qū)（江北部分）和扶余市。
宣統(tǒng)元年（1909年），裁副都統(tǒng)，結(jié)束旗民分治。
1913年，改新城府為新城縣，設(shè)公署，長(zhǎng)官稱縣知事。
1914年4月，因與外省幾縣重名，遂以此地為古夫余立國(guó)之地更名扶余縣，隸吉林省濱江道，改縣公署為縣政府、縣知事為縣長(zhǎng)。
1929年，全國(guó)取消道級(jí)建置，扶余縣直隸于吉林省。
1931年“9·18”事變后，日軍占領(lǐng)吉林省，11月，在扶余縣成立偽“自治指導(dǎo)委員會(huì)”，建立偽政權(quán)。
1932年3月，偽滿州國(guó)成立，7月公布“縣官制”，縣政府改稱縣公署，設(shè)縣長(zhǎng)和縣“自治指導(dǎo)員”（日本人任）。
1934年，自治指導(dǎo)員改稱縣參事官。
1934年12月，東北劃為10省，扶余仍隸于吉林省。
1945年8月，東北光復(fù)，蘇聯(lián)紅軍進(jìn)駐扶余。
11月1日東北人民自治軍（后改東北民主聯(lián)軍）嫩江縱隊(duì)長(zhǎng)白支隊(duì)進(jìn)駐扶余。
1946年2月，成立扶余縣政府，隸于西滿局吉江區(qū)行政主任公署，6月改屬嫩江省第四專署。
1947年2月，黑龍江與嫩江兩省合并，扶余縣改屬黑嫩省委四專署，10月，黑嫩兩省分開，屬嫩江省。
1949年4月，經(jīng)東北政委會(huì)決定，劃歸吉林省，5月，縣政府改稱縣人民政府。
中華人民共和國(guó)成立后，扶余縣仍屬吉林省。
1955年2月，屬吉林省懷德專區(qū)（1956年10月6日，國(guó)務(wù)院[56]羅字第108號(hào)批復(fù)，將懷德專員公署改為公主嶺專員公署），12月，縣人民政府改稱縣人民委員會(huì)；1958年9月，改稱縣人民公社聯(lián)社。
11月，扶余縣歸白城地區(qū)。
1959年4月，恢復(fù)縣人民委員會(huì)。
1968年7月，成立縣革命委員會(huì)，設(shè)主任、副主任。
1980年9月，縣革委會(huì)改稱縣人民政府，縣革委會(huì)主任、副主任改稱縣長(zhǎng)、副縣長(zhǎng)。
1987年11月撤縣，變?yōu)榉鲇嗍校ǹh級(jí)），仍隸于白城地區(qū)。
1988年6月23日，吉林省委、省政府從建立吉林省第二個(gè)石油化工城、建立吉林省中西部中心城市的設(shè)想出發(fā)，決定建立前扶開發(fā)建設(shè)辦公室，1991年4月29日，建立前扶經(jīng)濟(jì)開發(fā)管理區(qū)，地級(jí)建制，隸屬省政府，轄前郭爾羅斯蒙古族自治縣、扶余市。
1991年4月，在前郭縣和扶余市的基礎(chǔ)上，成立前扶經(jīng)濟(jì)開發(fā)管理區(qū)，扶余改隸前扶開發(fā)管理區(qū)。
1992年7月，松原市成立，扶余市改為松原市扶余區(qū)，隸屬松原市。
原屬前郭縣的鎮(zhèn)郊鄉(xiāng)（前郭縣鎮(zhèn)郊鄉(xiāng)大部和大里巴鄉(xiāng)兩個(gè)村劃歸扶余區(qū)后改稱興原鄉(xiāng)），毛都站鎮(zhèn)和原前郭鎮(zhèn)屬的6個(gè)街道，勝利、民主、育才3個(gè)街道的23個(gè)居民委員會(huì)合并為3個(gè)街道，劃歸扶余區(qū)轄。
扶余從清初設(shè)治以來第一次跨江而治，下轄35個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)、10個(gè)街道、兩個(gè)國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)。
1995年7月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，重新設(shè)立扶余縣。
12月，縣政府移駐三岔河鎮(zhèn)，仍隸屬松原市。
下轄26個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)、1個(gè)國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)和2個(gè)灌區(qū)。
2005年撤并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，2006年社里鄉(xiāng)劃歸松原市，扶余下轄鄉(xiāng)鎮(zhèn)由26個(gè)縮減為17個(gè)。
2013年1月24日，撤銷扶余縣，設(shè)立扶余市，以原扶余縣行政區(qū)域?yàn)榭h級(jí)扶余市的行政區(qū)域。
扶余市由省直轄，松原市代管。