菖蒲鄉(xiāng)原系篁鄉(xiāng)堡轄地；民國(guó)十九年（1930年），屬篁鄉(xiāng)區(qū)；民國(guó)二十年（1931年），屬光留篁區(qū)五溪蒲鄉(xiāng)蘇維埃政府；民國(guó)二十年（1931年）5月，恢復(fù)篁鄉(xiāng)區(qū)；民國(guó)二十三年（1934年），屬第三區(qū)第一聯(lián)保；民國(guó)二十八年（1939年），改稱菖蒲鄉(xiāng)。

中華人民共和國(guó)成立初期，境域?qū)偕窆鈪^(qū)；1958年，屬神光公社，同時(shí)，該鄉(xiāng)原轄地余田一帶劃入留車公社；1961年，從神光公社分出，成立菖蒲公社和黃同公社；1965年，黃同公社并入菖蒲公社；1968年，菖蒲公社又并入神光公社；1972年，從神光公社劃出，成立菖蒲公社；1984年，撤社建鄉(xiāng)，成立菖蒲鄉(xiāng)。