中華人民共和國成立初，屬蓮花縣第一臨時區(qū)。

1950年屬一區(qū)為城鄉(xiāng)鎮(zhèn)，1951年易名為城廂鎮(zhèn)，1956年撤第一臨時區(qū)設蓮花鎮(zhèn)；1958年撤蓮花鎮(zhèn)建琴水人民公社；1961年改設琴水鎮(zhèn)；1968年撤鎮(zhèn)和花塘、升坊合并為花塘公社；1970年析花塘公社置琴水鎮(zhèn)；1977年撤鎮(zhèn)改為琴水公社；1982年從琴水公社劃出城區(qū)的西邊、西門、北門、南門四個大隊，恢復琴水鎮(zhèn)；1983年經省人民政府批準更名為琴亭鎮(zhèn)；2001年12月原花塘鄉(xiāng)、琴水鄉(xiāng)與琴亭鎮(zhèn)合并，成立現(xiàn)在的琴亭鎮(zhèn)。