公元前，長江大量泥沙沉積于長江口，形成大小不等的沙洲，大約經(jīng)過800多個春秋，至唐末，出現(xiàn)東洲和布洲兩大洲及成群小沙洲，沙洲漸次連片。

至五代后周顯德五年（958）建縣，縣治設(shè)于東洲鎮(zhèn)，名海門縣。

海門瀕江臨海，屢遭風(fēng)潮災(zāi)害，縣境漲坍無常。

尤其是明代中葉，境內(nèi)大片土地坍沒，坍至呂四、余東、四甲一線，縣治一再遷徙，至清康熙十一年（1672）裁縣為海門鄉(xiāng)，歸并通州。

清康熙四十年（1701）前后，江流回向南泓，長江北岸開始漲積，漲出40多個新沙，綿亙百余里。

清乾隆三十三年（1768），建江蘇省海門直隸廳，設(shè)治于茅家鎮(zhèn)。

道光十二年（1832），因海門廳與海門鄉(xiāng)名相混，改海門鄉(xiāng)為靜海鄉(xiāng)。

民國元年（1912）復(fù)稱海門縣。

1949年，中華人民共和國成立后，海門人民護(hù)坡治坍，根除坍害，縣境穩(wěn)定，海門隸屬于江蘇省南通地區(qū)。

1983年實行市管縣，南通地區(qū)撤銷，海門縣隸于江蘇省南通市。

1994年6月撤縣設(shè)市，成立海門市，隸于江蘇省南通市，市人民政府駐地海門街道。

2020年7月，海門撤市設(shè)區(qū)，成為南通主城組成部分。