民國(guó)二十五年（1936）屬鐘祥縣第三區(qū)（石牌）濱漢鄉(xiāng)管轄，民國(guó)三十年（1941）、民國(guó)三十五年（1946）屬鐘祥縣石牌鎮(zhèn)管轄；解放后，1950年屬鐘祥縣第六區(qū)（石牌）王龍鄉(xiāng)管轄，下設(shè)生產(chǎn)互助組、初級(jí)社；1956年取名聯(lián)興社；1958年撤銷(xiāo)區(qū)制，成立人民公社，改稱(chēng)石牌人民公社王龍管理區(qū)聯(lián)豐大隊(duì)；1961年撤社建區(qū)，改稱(chēng)石牌區(qū)王龍人民公社瑞豐大隊(duì)；1975年撤區(qū)并社，改稱(chēng)石牌人民公社王龍管理區(qū)瑞豐大隊(duì)；1980年以村域內(nèi)馬祠得名馬祠大隊(duì)；1984年地名普查后命名馬祠村村民委員會(huì)；1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），改稱(chēng)石牌鎮(zhèn)馬祠村村民委員會(huì)沿用。