元朝屬西鄉(xiāng)。

明朝屬甘泉里。

清朝域內劃為石管鋪和郝枧鋪。

民國初期域內為西鄉(xiāng)，1941年7月域內劃為花橋、中和、寧遠3個鄉(xiāng)，1947年3月花橋鄉(xiāng)與中和鄉(xiāng)下4保合并為中和鄉(xiāng)，中和鄉(xiāng)上4保與遠寧鄉(xiāng)合并為遠北鄉(xiāng)。

1948年8月域內為南遠第四區(qū)，轄石橋坪、分鄉(xiāng)、霧渡河。

1948年10月將現嫘祖地區(qū)西部劃為六區(qū)。

1949年5月遠安縣將四區(qū)六區(qū)合并為荷花區(qū)，隨后更名為荷花區(qū)公所。

1952年7月后又更名為第四區(qū)公所。

1955年1月復為荷花區(qū)公所。

1956年3月撤消區(qū)公所設立縣轄荷花、西河、青峰、望家四個管理區(qū)。

1959年4月公社化時設荷花區(qū)，轄荷花、西河、青峰、望家四個公社。

1975年撤區(qū)并社，荷花、西河公社為荷花公社，青峰、望家為望家公社。

1980年荷花公社駐地由茍家埡村遷往分水村原礦務局車隊。

1984年3月，荷花公社、望家公社合并為荷花區(qū)，鎮(zhèn)治隨后又從水分村撤回駐茍家埡村。

1985年10月荷花區(qū)更名為茍家埡區(qū)（鎮(zhèn)）。

1987年10月，將區(qū)轄荷花鄉(xiāng)、鹽池河鄉(xiāng)、茍家埡鎮(zhèn)合并茍家埡鎮(zhèn)；青峰、真金、望家三鄉(xiāng)鎮(zhèn)合并為望家鄉(xiāng)。

2001年4月茍家埡鎮(zhèn)與望家鄉(xiāng)合并為荷花鎮(zhèn)。

2014年10月更名為嫘祖鎮(zhèn)。