原屬海倫府管轄。

清宣統(tǒng)二年（1910）,出放街基,稱蓮花鎮(zhèn)。

中華民國成立后,1916年9月,劃歸望奎設治局管轄。

1921年望奎縣設置蓮花鎮(zhèn)區(qū)。

東北淪陷后,分設蓮花、鑲黃、信敏3個村。

1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后,設置蓮花區(qū),1951年4月，改為第九區(qū)。

1956年4月,并村劃鄉(xiāng),設置蓮花鄉(xiāng)。

1958年9月,成立蓮花人民公社。

1962年7月,將東部地區(qū)劃出,成立東升公社。

1984年4月,將蓮花公社改設蓮花鎮(zhèn)，一直沿用至今。