海倫一帶，為清皇室圍場，先后為呼蘭城守尉、呼蘭副都統(tǒng)轄地。

清光緒十一年（1885),設置綏化廳后，歸綏化廳管轄。

清光緒三十年十二月二十四（1905），設置海倫直隸廳。

光緒三十二年正月二十二日（1906），裁撤通肯副都統(tǒng)。

光緒三十二年六月二十二日（1906），海倫直隸廳署移駐原通肯副都統(tǒng)府第辦公。

清光緒三十四年七月初九日（1908），海倫直隸廳改為海倫府；1913年，海倫府改為海倫縣；1914年，隸屬綏蘭道。

1915年,將通北稽墾局轄區(qū)劃出設置通北設治局。

1916年,將海倫縣南部地區(qū)劃出設置望奎設治局。

1929年,由黑龍江省直轄,時為一等縣。

東北淪陷后,初隸黑龍江省,1934年，劃歸濱江省管轄。

1939年,劃歸新設之北安省管轄。

1945年，抗戰(zhàn)勝利后，劃歸黑龍江管轄。

1946年，設置通肯縣。

1947年2月，隸屬黑嫩聯(lián)合省第一專區(qū)，黑嫩聯(lián)合省分設后，仍由黑龍江省管轄。

1948年,撤銷通肯縣,原屬海倫縣的行政區(qū)域仍劃回海倫縣。

1954年8月，松、黑兩省合并后，由黑龍江省直轄。

1956年,將海倫縣劃歸綏化專區(qū)管轄。

1958年,改由松花江專區(qū)管轄。

1965年,海倫縣隸屬綏化專區(qū)。

1967年，隸屬綏化地區(qū)。

1982年，隸屬綏化市（縣級）。

1989年，國務院批準，撤銷海倫縣，設立海倫市（縣級），1999年，隸屬綏化市（地級）。