唐武德三年(620)于今縣東南置婆覽縣，屬應(yīng)州。
貞觀三年(629)置都尚縣，治上江，為應(yīng)州治。
元至元二十八年(1291)置定云府，治今爛土;又置合江州、陳蒙州屬之。
明洪武十六年(1383)置合江陳蒙爛土長官司，隸都云定云安撫司。
二十三年后改隸都勻衛(wèi)及獨(dú)山州。
弘治七年(1494)于唐都尚縣故地設(shè)來牛寨，屬都勻府。
清雍正八年(1730)于來牛寨置都江廳(今都江鎮(zhèn))。
十年于三腳設(shè)獨(dú)山州同。
乾隆八年(1743)改為三腳屯理苗州。
1913年廢都江廳置都江縣，改三腳屯理苗州置三合縣，屬黔中道。
1935年屬第十一行政督察區(qū)。
1937年屬第二行政督察區(qū)。
1941年三合、都江2縣合并，各取一字名三都縣。
1949年屬獨(dú)山專區(qū)。
1952年屬都勻?qū)^(qū)。
1956年撤縣置三都水族自治縣，劃荔波、獨(dú)山、榕江、都勻4縣的2個區(qū)、7鄉(xiāng)地入轄，屬黔南布依族苗族自治州。
1957年1月2日，三都水族自治縣正式成立，縣治設(shè)三合鎮(zhèn)，隸屬黔南布依族苗族自治州至今。