清代屬宜山縣歸善鄉(xiāng)上里地，民國初期劃為宜山縣第四區(qū)，民國22年改稱石別區(qū)，民國31年撤區(qū)劃為石別鄉(xiāng)。

解放后，最初為里苗區(qū)石別鄉(xiāng)，1950年劃為宜山縣第五區(qū)（石別區(qū)），1955年石別區(qū)屬的同意、宜州、翁同、龍候、京口、金滿、板磨、大宿、塘懷9個鄉(xiāng)劃歸都安瑤族自治縣。

1957年撤區(qū)并鄉(xiāng)為石別鄉(xiāng)。

1958年成立先鋒（石別）人民公社，1962年北山公社并入石別公社，同年秋改為石別區(qū)，1966年仍為石別公社。

1984年改為石別鄉(xiāng)。

1987年分出部分村屯成立北山鄉(xiāng)。

1998年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)為石別鎮(zhèn)。

2005年宜州市撤并鄉(xiāng)鎮(zhèn)后拉并村委并入石別鎮(zhèn)。

2010年，石別鎮(zhèn)轄1個社區(qū)，10個村委，107個自然屯。