清城區(qū)所轄行政區(qū)劃為原清遠縣境域之一部分。

漢元鼎六年（前111）置中宿縣，屬南�？�。

三國吳甘露元年（265），以桂陽郡南部，立始興郡，中宿縣改屬始興郡。

南北朝，宋泰豫元年（472），始興郡改稱廣興郡，齊建元元年（479）復為始興郡，中宿縣屬之。

梁武帝期間，置清遠郡，轄中宿、威正、廉平等5縣，隸屬衡州。

陳朝，清遠郡屬西衡州。

隋開皇十年（590）廢清遠郡，置清遠縣、政賓縣，屬南�？�。

唐武德六年（623）廢政賓縣并入清遠縣，屬廣州督察府轄。

五代南漢以及宋、元、明、清等朝，清遠縣均屬廣州府（路）。

1936年，屬第二行政督察區(qū)。

1983年7月，改隸廣州市。

1988年1月，撤銷清遠縣設立清遠市，原清遠縣境分置清城區(qū)、清郊區(qū)（今清新區(qū)）。