南澳街道歷史悠久，早在新石器時期就有人類在此居住，并留下畬嚇和西涌口古村落遺址。

明洪武初年（1368—1398年），在今南澳西涌口修筑“老大鵬所城”和海防墩臺。

據(jù)《寶安縣志》記載，清康熙元年（1662年）至三年（1664年），朝廷曾兩度下達“遷界令”，共內(nèi)遷80里，勒令立界，界外房屋盡夷，空無一人。

時新安縣縮小三分之二，人口大減，南澳荒為疏僻之地。

康熙二十二年（1682年），清廷宣布廢止“遷界令”，南澳地域重得開發(fā)。

清嘉慶年間（1796—1820年），始有南澳村，無圩。

民國元年（1912年），南澳隸屬新安縣（1914年復(fù)稱寶安縣）。

民國二十七年（1938年）10月，中國共產(chǎn)黨建立東江地區(qū)抗日民主政府——惠陽縣第二區(qū)臨時行政委員會，南澳屬之。

1949年10月，南澳地區(qū)屬惠陽縣第四區(qū)之大鵬鄉(xiāng)。

1951年11月，第四區(qū)析出第七區(qū)，南澳隨大鵬鄉(xiāng)屬之。

1958年10月，成立大鵬公社，南澳屬之。

同年11月，南澳隨大鵬公社劃歸寶安縣。

1983年7月，改公社為區(qū)，南澳隸屬大鵬區(qū)。

1986年10月，撤區(qū)建鎮(zhèn)，大鵬區(qū)分為大鵬鎮(zhèn)和南澳鎮(zhèn)。

1993年1月，寶安撤縣分設(shè)寶安、龍崗二區(qū)，南澳鎮(zhèn)隸屬龍崗區(qū)。

2004年，寶安、龍崗兩區(qū)撤鎮(zhèn)設(shè)街，南澳街道辦仍屬龍崗區(qū)管轄。

2011年12月30日，大鵬新區(qū)成立，南澳街道隸屬大鵬新區(qū)。