惠城區(qū)在陳后主禎明二年（588）前，先后為博羅、酉平、欣樂三縣之轄地。

隋開皇九年（589），隋平陳后，廢欣樂縣置歸善縣，隸于循州。

惠城區(qū)從隋開皇九年（589）到清末（1911）均是歸善縣之轄地。

1911年11月9日，改縣名為“惠陽”，惠城區(qū)為惠陽縣之轄地。

1949年12月21日，原府城鎮(zhèn)、縣城鎮(zhèn)和環(huán)城鄉(xiāng)從惠陽縣析出并為惠州鎮(zhèn)（縣級），隸屬東江專區(qū)。

1953年，惠州鎮(zhèn)降為區(qū)級鎮(zhèn)，隸屬惠陽縣。

1958年4月，設惠州市（縣級），隸屬惠陽專區(qū)，11月，惠州市改稱惠州鎮(zhèn)，12月，再改稱惠州人民公社，均隸屬惠陽縣。

1959年7月，惠州人民公社改稱惠州鎮(zhèn)（縣級），隸屬佛山專區(qū)和惠陽縣（雙重領導）。

1964年11月12日至1987年1月6日，復稱惠州市（縣級）。

1988年1月7日，惠州市（縣級）改稱惠城區(qū)，隸屬惠州市（地級）。