元代時(shí)期，旦馬鄉(xiāng)境域?yàn)槲鳑龈牎?/p>
明正統(tǒng)三年（1438年），為古浪守御千戶(hù)所轄。
清代時(shí)期，由涼州衛(wèi)管轄。
1950年5月，為天祝自治區(qū)第五分鄉(xiāng)。
1952年12月，為旦馬鄉(xiāng)、沙馬鄉(xiāng)，屬第五區(qū)。
1958年12月，屬祁連公社。
1959年2月，劃給肅南縣；同年8月，又劃歸天祝藏族自治縣。
1962年7月，分為旦馬、細(xì)水、沙馬公社和旦馬牧場(chǎng)。
1968年10月，3公社合并為旦馬公社。
1971年12月，劃入武威縣。
1981年12月，又劃歸天祝藏族自治縣。
1983年5月，撤銷(xiāo)公社、牧場(chǎng)，設(shè)旦馬、土塔、沙馬鄉(xiāng)，屬祁連區(qū)。
1985年10月，為旦馬鄉(xiāng)。