1953年，石里村成立，隸屬七星鄉(xiāng)；同年9月，由七星鄉(xiāng)析出早陽鄉(xiāng)，石里村隸屬早陽鄉(xiāng)；1955年，早陽鄉(xiāng)并入七星鄉(xiāng)，石里村隸屬七星鄉(xiāng)；1956年，七星鄉(xiāng)并入兩坪鄉(xiāng)，石里村隸屬兩坪鄉(xiāng)；1958年，石里村更名為石里區(qū)隊，隸屬早陽公社；1960年，早陽公社并入兩坪公社，隸屬兩坪公社；1961年，恢復(fù)早陽公社，石里區(qū)隊更名為石里大隊，隸屬早陽公社；1984年，石里大隊更名為石里村；1992年，撤銷早陽鄉(xiāng)，隸屬巫峽鎮(zhèn)；2004年，合村并組，隸屬巫峽鎮(zhèn)。

2020年6月，經(jīng)縣政府批準，撤銷石里村村民委員會，新成立石里社區(qū)居民委員會，沿用至今。