因鄉(xiāng)人民政府駐地東小口村，故名。

1953年，建區(qū)轄鄉(xiāng)，其中東小口鄉(xiāng)轄東小口、蘆家、單家、店上、蘭各莊5村，中灘鄉(xiāng)轄中灘、太平莊、立水橋、賀村4村，河北村鄉(xiāng)轄河北、南馬房、陳營3村。

1956年2月，3鄉(xiāng)合并為東小口鄉(xiāng)。

1958年3月，劃歸海淀區(qū)，并入清河鎮(zhèn)。

1959年11月1日，除立水橋、河北、南馬房3村外，其余9村復歸昌平縣，屬沙河人民公社，稱東小口大隊，后改稱管理區(qū)。

1961年5月，成立東小口人民公社，各行政村稱生產(chǎn)大隊。

1978年，公社駐地從東小口遷至賀村。

1982年8月，公社改鄉(xiāng)。

1997年，撤銷鄉(xiāng)，設立東小口鎮(zhèn)。

1999年，撤銷霍營鄉(xiāng)，并入東小口鎮(zhèn)。

2012年，東小口地區(qū)設立3個街道天通苑北街道、天通苑南街道、霍營街道，原東小口地區(qū)辦事處剩余部分為調(diào)整后的東小口地區(qū)辦事處轄區(qū)范圍。